1964年に創設、3年目の1966年にはモスクワ、レニングラードで公演を行い、ソビエト文化省より"チャイコフスキー記念"の名称を贈られた。創立以来一貫して、古典の全幕作品から現代振付家の名作まで幅広いレパートリーを誇る。モーリス・ベジャール(『ザ・カブキ』『M』)、イリ・キリアン(『パーフェクト・コンセプション』)、ジョン・ノイマイヤー(『月に寄せる七つの俳句』『時節の色』)ら現代バレエ界を代表する三大振付家によるオリジナル作品を上演。またウラジーミル・ワシーリエフの『ドン・キホーテ』、ナタリヤ・マカロワの『ラ・バヤデール』、マッツ・エックの『カルメン』、ノイマイヤーの『ロミオとジュリエット』など、当代一流の振付家の作品をその指導により上演している。21のベジャール作品をレパートリーに持ち、モーリス・ベジャール・バレエ団とは兄弟カンパニーとして認められている。ダニエル・バレンボイム、ズービン・メータなど、巨匠指揮者との共演も果たした。
これまでに日本の舞台芸術史上始まって以来の34次775回の海外公演を行い、"日本の生んだ世界のバレエ団"として国内外で高く評価されている。32カ国155都市を巡り、とくにパリ・オペラ座、ミラノ・スカラ座、ウィーン国立歌劇場、ボリショイ劇場、マリインスキー劇場などヨーロッパの名だたる歌劇場に数多く出演し絶賛を博した。
2014年8月30日に創立50周年を迎えた。2015年8月には斎藤友佳理が芸術監督に就任。その後、2016年2月にはブルメイステル版『白鳥の湖』、2019年3月にはホームズ版『海賊』といった全幕作品をバレエ団初演している。2019年6月〜7月には第34次海外公演として、ウィーン国立歌劇場、ミラノ・スカラ座を含むヨーロッパ・ツアーで『ザ・カブキ』ほかを上演し、各地で高評を得た。
近年は、東京文化会館での〈上野の森バレエホリデイ〉、めぐろパーシモンホールでの〈めぐろバレエ祭り〉など、地域に根ざした活動にも力を入れ、幅広い観客に親しまれるバレエ作品の上演、普及活動を行っている。